Nun stehen wir vor der von der Bausubstanz her ältesten Kirche Bambergs, St. Jakob. Das ehemalige Augustinerstift wurde um 1071 von Bischof Herrmann I. gegründet. Zu dieser Zeit war der westliche Teil der Kirche ausgebaut, erst unter Otto dem Heiligen (1102 – 1139) konnte die Kirche vollendet werden.
Im Laufe des 15. Jahrhunderts trat der jetzige gotische Neubau an die Stelle des romanischen Westchores. Wenig später entstand die Sakristei im nördlichen Chorwinkel.
1594 musste man einen Teil des Südturmes wegen Baufälligkeit abtragen. Als im 18. Jahrhunderts die Barockfassade entstand, schrumpfte er ein weiteres Stück. Der Westchor wurde tiefer gelegt, Grabdenkmal und Chorgestühl vernichtet. 1771 war die barocke Umgestaltung beendet.
Die Säkularistation brachte die Auflösung des Stifts, die Kirche sollte abgebrochen werden. Doch in einem kurfürstlichen Erlass vom 28. September 1805 wurde sie der „Marianischen Herren- und Bürgersolidarität“ für deren Gottesdienste übergeben.
Seit 1852 beheimatet die Kirche ein Franziskanerkonvent, 1882 war sie vollkommen wiederhergestellt, neuromanisch bzw. neugotisch ausgestattet, blieb aber im Kern bis heute ein echt romanisches Gotteshaus.